Versões do kernel 2.0.x e 2.2.x introduziram muitas diferenças na instalação do kernel. O arquivo Documentation/Changes no source do 2.0.x contém informações que você deve saber quando for atualizar para essas versões. Você também precisaria atualizar alguns pacotes, como o gcc, libc, e SysVInit, e talvez alterar alguns arquivos do sistema, então espere por isso. Não fique em panico.